南京中医药大学研究生院是我国首批设立的国家级中医药大学研究生院之一。学院坚持“以人为本，立德树人”教育理念，注重培养具备创新能力、实践能力及实际工作能力的高层次国际化人才。
研究生院下设中药学一级学科博士点、针灸推拿学一级学科博士点、中医内科学二级学科博士点等多个硕士博士学位授权点。研究生院的办学特色主要在于:
- 1. 较高的培养质量，南京中医药大学中药一级学科是国家优势特色学科，多项科研成果居于国际先进水平，在博士论文撰写、开展科研课题、科技应用等方面受到了学术界和社会的高度评价。
- 2. 优质的师资力量，研究生院拥有一支高水平的师资队伍，教师当中有20余名博士生导师、110余名硕士生导师，其中31人受聘为国家“万人计划”科技创新领军人才。
- 3. 良好的生活条件，在学校的研究生公寓、研究生食堂等生活条件方面能够满足科研生活的需要。而且校园内有江苏省中医药博物馆、国家中医临床医学研究基地、东方文化广场等多个特色建筑和景观。
南京中医药大学研究生院一直以来致力于打造国内知名、国际一流的研究生教育中心，努力为培养具有高素质、创新精神的国际化人才而不断努力。