南京林业大学研究生院是全国林业高水平科研和研究生教育机构，拥有34个学科博士点，区域一流大学研究生院。在研究生培养方面，研究生院坚持培养创新型人才的指导思想，推行全员导师制、一对一导师制和开放式培养等研究生培养模式，使学生的自主性和创新性得到最大程度的发挥。
在科学研究方面，研究生院先后获得了111项国家级和省部级科研成果奖，其中包括21项国家级科学技术进步奖。这些成果得到了工业界、农业界以及民间组织的广泛认可和应用。如今，研究生院已被誉为林业科技成果转化和技术创新转型的重要实践基地。
研究生院一直致力于推进科研成果的产学研结合，拥有独特的“四色”磨合模式：科研团队现场孵化模式、校外孵化器孵化模式、企业科技服务团队模式和进入中小学教育的科普推广模式。磨合模式的实施，让科研成果转化的速度从几年缩短到半年甚至更短。同时，磨合模式还改善了校园文化、加快了产业升级和高质量发展。