云南的气候因为地广人稀、地形复杂、纬度高低影响、中、南、北部的地带分别对气候的形成产生影响，表现为高山、高原、山地间谷地舒张，由此形成了相当多样的气候生态环境。
在云南地区，由于地势高差较大，气候也会产生明显的变化。对于同一地区的不同地段，温差和湿度也会有很大的变化，如同样是昆明市区，气温最高却能差2-3摄氏度，有部分地区的最低温度低时能达到零下14度。再比如，红河、西双版纳热带季风气候明显，雨量较重，而丽江地区因为海拔高，气候渐趋寒冷。
云南特殊的气候环境也给当地的农业生产带来了巨大的影响。如云南普洱地区阳光时间长，而且昼夜温差大，这种气候条件非常适合普洱茶的生长。而大理地区气候较为温和，因此当地以水稻和玉米种植为主。无论是蔬菜水果还是粮食作物，云南的气候多样性也许给当地农业带来了一些挑战，但也使云南特色农产品更加多样、丰富，因此有着“千采地，万花香”之美誉。